Чем можно подтвердить, что авторы отказались от упоминания?
Являемся соисполнителями по разработке программы для ЭВМ, у нас также есть сосоисполнитель который делал небольшой модуль программы. Заказчик просит передать все исключительные права на программу для ЭВМ и обеспечить её правовую охрану.
И в связи с этим возникли некоторые вопросы:
1) Правовая охрана программы для ЭВМ должна быть обеспечена путем её регистрации в роспатенте?
2) При оформлении заявки в роспатент должны ли мы указывать авторов сосоисполнителя, а также необходимо ли указывать своих авторов вообще, в связи с тем, что есть авторы которые уволились и обратной связи с ними нет.
3) Чем можно подтвердить, что авторы отказались от упоминания.

Имеется в виду в договоре должен быть пункт про отчуждение и передачу исключительных прав в пользу заказчика?
Для того чтобы конкретно что-то говорить, надо понимать схему взаимодействий между авторами и соисполнителями, между соисполнителями и заказчиком. Надо понимать, что хотят получить в результате все контрагенты. В Вашем посте этого не прослеживается.
Вот Ваше последнее предложение про пункт договора про отчуждение в пользу заказчика. Вопрос, а нужен ли Вам такой пункт, а может лучше предоставить это программу по лицензионному договору? Это вопрос выгоды и компромисса для сторон. Или заголовок Вашего поста… Тоже надо понимать отношения авторов. Например, автор и соисполнитель — это одно лицо или нет. Без полного понимания ситуации невозможно ответить полно на Ваши вопросы.