Сергей!
Положение о порядке назначения стипендий, которое было утверждено Приказом Минобрнауки РФ №1663, предусматривает следующий порядок выплаты стипендий в таком случае:
23. Нахождение обучающегося в академическом отпуске, а также отпуске по беременности и родам, отпуске по уходу за ребенком до достижения им возраста трех лет не является основанием для прекращения выплаты (назначения) государственной социальной стипендии.
Выплата государственной академической стипендии студентам, в том числе повышенной государственной академической стипендии, государственной стипендии аспирантам, ординаторам, ассистентам-стажерам приостанавливается с первого числа месяца, следующего за месяцем предоставления академического отпуска, а также отпуска по беременности и родам, отпуска по уходу за ребенком до достижения им возраста трех лет, и возобновляется с первого числа месяца выхода из академического отпуска, а также отпуска по беременности и родам, отпуска по уходу за ребенком до достижения им возраста трех лет по результатам промежуточной аттестации, имевшимся на дату предоставления академического отпуска, а также отпуска по беременности и родам, отпуска по уходу за ребенком до достижения им возраста трех лет, с учетом периода обучения, за который государственная академическая стипендия студентам, в том числе повышенная государственная академическая стипендия, государственная стипендия аспирантам, ординаторам, ассистентам-стажерам была выплачена до предоставления академического отпуска, а также отпуска по беременности и родам, отпуска по уходу за ребенком до достижения им возраста трех лет
Получается, что в определённых случаях выплата стипендии может быть приостановлена.
Если никаких изменений в процессе обучения не было, надо выяснять — почему не начислили стипендию, пусть дают официальный ответ.