Здравствуйте Оксана.
Все зависит от того, к какой форме организации отнесен работодатель.
если это госорганизация иди муниципальная то порядок устанавливается соответствующим органом исполнительной власти, если же не бюджетная локальным актом самого работодателя.
К примеру по госорганизациям федерального значения действует следующий порядок:
Правила
компенсации расходов на оплату стоимости проезда и провоза багажа к месту использования отпуска и обратно для лиц, работающих в федеральных государственных органах, государственных внебюджетных фондах Российской Федерации, федеральных государственных учреждениях, расположенных в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях, и членов их семей
1. Настоящие Правила устанавливают порядок компенсации расходов на оплату стоимости проезда и провоза багажа к месту использования отпуска
если в связи с его увольнением ни какого отпуска не будет то он обязан возвратить компенсацию
Работник учреждения обязан полностью вернуть средства, выплаченные ему в качестве предварительной компенсации расходов, в случае,если он не воспользовался ими в целях проезда к месту использования отпуска и обратно.
http://base.garant.ru/193432/
Но повторю, это касается организаций бюджетных, у коммерческих организаций может быть принят и иной порядок своим локальным актом, что им разрешенло, так как здесь расходы несет сама организация в отличии от бюджетных где расходы идут либо из федерального либо регионального или муниципальгого бюджетов.