Лучше всего в суд. Для начала напишите заявление о предоставлении заверенных копий всех документов, касающихся условий труда (трудовой договор, приказ о приеме, положение о доплатах, приказы о доплатах, табели учета рабочего времени). Заявление рассматривается в течение 3х рабочих дней. Далее подаете 2 исковых заявления (характер требований разный) — 1й иск о взыскании оплаты листка нетрудоспособности, 2й о взыскании недоначисленной и невыплаченной зарплаты. Пошлиной не облагается. Срок давности -1 год. Так что успевайте.