Добрый день!
Пунктом 4 статьи 5 Федерального закона от 03.08.2018 N 303-ФЗ предусмотрено, что налоговая ставка по НДС в размере 20 процентов применяется в отношении товаров (работ, услуг), имущественных прав, отгруженных (выполненных, оказанных), переданных начиная с 1 января 2019 года.
То есть повышение ставки применяется только к услугам (в Вашем случае к аренде), фактически оказанным после 01.01.19, вне зависимости от даты их оплаты.
Следовательно за период аренды до 31.12.2018 оплата должна производится со ставкой НДС 18%, за последующие со ставкой НДС 20%