Организация покупает глину может ли она взять в расходы вскрышные работы?

Уважаемая Людмила! Доброго! А у Покупателя какая система или режим налогообложения?

Если ОСН, то в силу п.2 ст. 252 НК РФ (см. статью в целом):

Расходы в зависимости от их характера, а также условий осуществления и направлений деятельности налогоплательщика подразделяются на расходы, связанные с производством и реализацией, и внереализационные расходы.

Далее, согласно п.1 ст.253 НК РФ

Расходы, связанные с производством и реализацией, включают в себя:
1) расходы, связанные с изготовлением (производством), хранением и доставкой товаров, выполнением работ, оказанием услуг, приобретением и (или) реализацией товаров (работ, услуг, имущественных прав);
2) расходы на содержание и эксплуатацию, ремонт и техническое обслуживание основных средств и иного имущества, а также на поддержание их в исправном (актуальном) состоянии;
3) расходы на освоение природных ресурсов;
4) расходы на научные исследования и опытно-конструкторские разработки;
5) расходы на обязательное и добровольное страхование;
6) прочие расходы, связанные с производством и (или) реализацией.

Поэтому, если 

в договоре купли-продажи условия поставки товара производится силами покупателя и за собственные средства, а именно вскрышные работы, погрузка, доставка.

то

Может ли покупатель взять такие расходы в НУ и БУ

естественно может.

Другой разговор в каком размере и как. Вы свой экскаватор используете или арендуете? 

Также и по погрузке и перевозке?