Нужно ли платить налог помимо пенсионного взноса при работе по патенту, если прибыли нет?

Добрый день. Есть ИП, в 2016 вроде бы году решили открыть магазин, оформили патент, проработали полтора года, платили все как положено, покупали патент во время. Но работали в минус, не было не одного месяца чтоб проработали в ноль или в плюс, а тут приходит бумага из налоговой что должны заплатить какую то недоимку за 2017 год в размере 12 тыщ с копейками, пришли в налоговую ругаться. Они объяснили что по мимо патента положено платить 1% с предполагаемой прибыли, мы показали им все квитанции какие у нас есть , после этого она сказали ну оплатите 6 т.р. должны ли мы это оплачивать? и что это вообще за платеж ? почему так сумма уменьшилась? и как доказать что у нас не было прибыли вообще ?