Куда надо обращаться и писать заявление, чтобы выписали моего отца?

Вам имеет смысл подать в суд заявление об объявлении его умершим. В полиции должно быть обязательно заведено розыскное дело. К заявлению надо приложить  жилищные документы, свидетельство о вашем рождении, выписку из домовой книги. Госпошлина по таким делам в суде 300 руб.  Полиция должна дать справку что розыск объявлен, но результатов не дал.  

Статья 45 ГК. Объявление гражданина умершим

1. Гражданин может быть объявлен судом умершим, если в месте его жительства нет сведений о месте его пребывания в течение пяти лет, а если он пропал без вести при обстоятельствах, угрожавших смертью или дающих основание предполагать его гибель от определенного несчастного случая, — в течение шести месяцев.