Как правильно написать рапорт, ссылаясь на ст.12

В нормативно-правовых актах нет такого понятия, как «нештатная воинская должность».

Мало того, Положение о порядке прохождения военной службы, статья 12: 

1. В связи со служебной необходимостью на военнослужащего может быть возложено временное исполнение обязанностей по следующей равной или высшей воинской должности, которую он не занимает: 

 а) вакантной (незанятой) воинской должности — с его согласия (временное исполнение должности — врид);

Если бы такая должность была в штате, в вашей ситуации, назначение на нее, только с Вашего согласия.

Также, согласно Общевоинскому Уставу ВС РФ:

41.Приказ (приказание) должен соответствовать федеральным законам, общевоинским уставам и приказам вышестоящих командиров (начальников). 

Вы можете обжаловать правомерность данного приказа, вышестоящему командира

Отменить приказ (приказание) имеет право только командир (начальник), его отдавший, либо вышестоящий прямой начальник.

Или в порядке надзора, в органы военной прокуратуры. После проверки законности данного приказа, прокуратура может вынести представление об его отмене.

С Уважением!