Уважаемая Мария, здравствуйте!
Хотя формально Вы были не правы, направив уведомление о переходе на УСН не в тот налоговый орган, но, полагаю, что этот факт не может лишить Вас права на применение УСН.
Во-первых, согласно Закону РФ от 21.03.1991 N 943-1 «О налоговых органах Российской Федерации»
Налоговые органы Российской Федерации (далее — налоговые органы) — единая централизованная система контроля за соблюдением законодательства о налогах и сборах, за правильностью исчисления, полнотой и своевременностью уплаты (перечисления) в бюджетную систему Российской Федерации налогов, сборов и страховых взносов, соответствующих пеней, штрафов, процентов
Следовательно, факт уведомления Вами налоговых органов имел место. Какого-либо злоупотребления права в Вашем поведении не имелось, была просто техническая ошибка.
Во-вторых, можно применить принцип, закрепленный в статье 8 Федерального закон от 02.05.2006 N 59-ФЗ «О порядке рассмотрения обращений граждан Российской Федерации»
3. Письменное обращение, содержащее вопросы, решение которых не входит в компетенцию данных государственного органа, органа местного самоуправления или должностного лица, направляется в течение семи дней со дня регистрации в соответствующий орган или соответствующему должностному лицу, в компетенцию которых входит решение поставленных в обращении вопросов, с уведомлением гражданина, направившего обращение, о переадресации обращения, за исключением случая, указанного в части 4 статьи 11 настоящего Федерального закона.
В-третьих, есть положительная судебная практика, что поданное после установленного срока уведомление только что созданным субъектом не может служить основанием для отказа в применении УСН:
Определение ВАС РФ от 24 апреля 2008 г. N 5626/08
Суды, руководствуясь положениями статей 84, 346.11, 346.12, 346.13 Налогового кодекса Российской Федерации, сделали вывод о том, что выбор специального налогового режима — упрощенной системы налогообложения — носит уведомительный характер, и что подача заявления по истечении пяти дней с даты постановки на учет в налоговом органе не может служить основанием для отказа вновь созданной организации в применении упрощенной системы налогообложения.
С уважением, Артемьев Роман
P.S. При возникновении других вопросов или необходимости в подготовке документов - обращайтесь в чат к юристу.