Должны ли из премии производиться отчисления в пенсионный фонд?

Здравствуйте, Ксения! Конечно, должны быть отчисления в ПФР. Премия — это часть зарплаты.

Ст 135 ТК РФ:

Заработная плата работнику устанавливается трудовым договором в соответствии с действующими у данного работодателя системами оплаты труда.
Системы оплаты труда, включая размеры тарифных ставок, окладов (должностных окладов), доплат и надбавок компенсационного характера, в том числе за работу в условиях, отклоняющихся от нормальных, системы доплат и надбавок стимулирующего характера и системы премирования, устанавливаются коллективными договорами, соглашениями, локальными нормативными актами в соответствии с трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права.

С уважением!

Здравствуйте Ксения!

Вы пишите: 

Работодатель выплачивает половину зарплаты в конверте. Налоговые органы говорят что это может быть премия. А что с премии не должны отчислять в пфр?

Работодатель обязан перечислять пенсионные и иные отчисления со всех видов доходов работника. Следовательно, если денежные средства не проведены по бухгалтерскому учету, и не отражены на лицевом счете работника, то и отчислений соответственно нет.

 Премия входит в  систему оплаты труда, это его вознаграждение за труд (ст. 129 ТК РФ).   Страховые взносы с премии должны быть начислены в общем порядке, как с выплаты, положенной работнику в рамках трудовых отношений.