Здравствуйте, Анастасия.
Считаю, что именно на новую фамилию и нужно оформлять аттестат.
Приказ Министерства образования и науки РФ от 14 февраля 2014 г. N 115 «Об утверждении Порядка заполнения, учета и выдачи аттестатов об основном общем и среднем общем образовании и их дубликатов» определяет, что
4. При заполнении бланка титула аттестата:
4.2. В правой части оборотной стороны бланка титула аттестата указываются следующие сведения:
на отдельной строке (при необходимости — в несколько строк) — фамилия выпускника (в именительном падеже), размер шрифта может быть увеличен не более чем до 20п;
на отдельной строке (при необходимости — в несколько строк) — имя и отчество (при наличии) выпускника (в именительном падеже), размер шрифта может быть увеличен не более чем до 20п.
Фамилия, имя и отчество (при наличии) выпускника указываются полностью в соответствии с документом, удостоверяющим его личность.
Соответственно, если паспорт уже будет новый, то и аттестат будет оформляться именно по нему.
Пусть сын заранее обратиться к руководству школы и сообщит, что изменились его персональные данные. Предъявит новый паспорт и на всякий случай решение суда. Если аттестат еще не оформлен, то должны оформить его в соответствии с новым паспортом.
Если аттестаты уже оформлены, то в этом ничего страшного нет. Вышеуказанным приказом определено, что можно получить дубликат аттестата с измененной фамилией…