Права сестры на квартиру, если она не прописана и не проживает, но является собственником 1/4 части

Здравствуйте, Ксения. К сожалению Ваша сестра имеет все права на квартиру, без каких-либо ограничений. Сейчас уже не важно кто что кому обещал. Регистрация в квартире и вовсе не играет ни какой роли. В Вашем случае либо в добровольном порядке купить у нее долю в квартиру либо через суд с исковым заявлением, но и тут возниктут проблемы так как квартира трехкомнатная. 

Гражданский кодекс

Статья 252. Раздел имущества, находящегося в долевой собственности, и выдел из него доли
1. Имущество, находящееся в долевой собственности, может быть разделено между ее участниками по соглашению между ними.
3. При недостижении участниками долевой собственности соглашения о способе и условиях раздела общего имущества или выдела доли одного из них участник долевой собственности вправе в судебном порядке требовать выдела в натуре своей доли из общего имущества.
4. Несоразмерность имущества, выделяемого в натуре участнику долевой собственности на основании настоящей статьи, его доле в праве собственности устраняется выплатой соответствующей денежной суммы или иной компенсацией.
Выплата участнику долевой собственности остальными собственниками компенсации вместо выдела его доли в натуре допускается с его согласия. В случаях, когда доля собственника незначительна, не может быть реально выделена и он не имеет существенного интереса в использовании общего имущества, суд может и при отсутствии согласия этого собственника обязать остальных участников долевой собственности выплатить ему компенсацию.

Если у вас есть материальная возможность выкупайте долю у сестры. Если она против этого, то можно даже через в суд выкупить, признав ее долю незначительной. Иначе она вправе вселится, жить здесь.