Лучше ее сделать до смены свидетельства или можно после?

Здравствуйте, Вероника.

Могу ли я поменять фамилию ребёнку 9 лет? Я вступила в брак с иностранным гражданином, взяв его фамилию. По документам я мать одиночка . 

СК РФ Статья 59. Изменение имени и фамилии ребенка 

3. Если ребенок рожден от лиц, не состоящих в браке между собой, и отцовство в законном порядке не установлено, орган опеки и попечительства исходя из интересов ребенка вправе разрешить изменить его фамилию на фамилию матери, которую она носит в момент обращения с такой просьбой.
4. Изменение имени и (или) фамилии ребенка, достигшего возраста десяти лет, может быть произведено только с его согласия.

Проблема в том, что проживаю в Крыму. А для ЕС никакие документы выданные здесь не действительны .

Почему вы так решили?

Будет ли действительно там новое свидетельство, выданное в Крыму ребёнку?

Будет.

Или лучше его менять на материке? Есть ли возможность его получить там? Какой порядок данной процедуры? Прописку я планирую делать в Астрахани.

Можете получить и в Астрахани.

Лучше ее сделать до смены свидетельства или можно после? Поставят ли ей там отметку о гражданстве и сколько займёт это времени ..? Спасибо

Регистрация сделайте до смены фамилии. свидетельство о смене фамилии получите в ЗАГСЕ в день обращения. В ЗАГС вам нужно обратиться будет с полным пакетом документов, в том числе и с разрешением органа опеки, куда вы должны будете заблаговременно обратиться.