С какой доли я буду платить 13%, если продам квартиру раньше 3 лет?

Здравствуйте.

По этому вопросу есть разъяснение Минфина, в котором говорится, что изменение размера доли налогоплательщика в праве собственности на квартиру не прерывает срок нахождения указанного имущества в его собственности.

Письмо Департамента налоговой и таможенной политики Минфина России от 19 июля 2016 г. N 03-04-05/42232 О налогообложении НДФЛ доходов, полученных от продажи квартиры:

Исходя из изложенного, изменение состава собственников, в том числе переход имущества к одному из участников общей долевой собственности, не влечет для этого лица прекращения права собственности на указанное имущество. При этом на основании статьи 131 Гражданского кодекса Российской Федерации изменение состава собственников имущества предусматривает государственную регистрацию такого изменения.

Таким образом, изменение размера доли налогоплательщика в праве собственности на квартиру не прерывает срок нахождения указанного имущества в собственности налогоплательщика.

Учитывая изложенное, в случае если квартира находилась в собственности налогоплательщика (независимо от изменения размера доли в праве собственности на указанную квартиру) более трех лет, то доходы от продажи указанной квартиры не подлежат обложению налогом на доходы физических лиц.

В вашем случае срок нахождения имущества в собственности будет считаться с 1998 г.