Командование подводит под увольнение, как быть в этом случае?

Тут все зависит от того какое заключение даст по вам аттестационная комиссия, с учетом которого вполне могут уволить по несоблюдению условий контракта.

Как было отмечено в постановление Конституционного Суда РФ от 21.03.2013 N 6-П «По делу о проверке конституционности подпункта „в“ пункта 2 статьи 51 Федерального закона „О воинской обязанности и военной службе“ в связи с жалобами граждан Р.В. Боскачева, И.В. Овсянникова и Д.А. Савельева» 

Исходя из того, что дисциплинарный проступок в силу пункта 1 статьи 28.2 Федерального закона «О статусе военнослужащих» и статьи 47Дисциплинарного устава Вооруженных Сил Российской Федерации — это противоправное, виновное действие (бездействие), выражающееся в нарушении воинской дисциплины, которое в соответствии с законодательством Российской Федерации не влечет за собой уголовной или административной ответственности, а совершение военнослужащим преступления или административного правонарушения, за которое военнослужащий несет ответственность на общих основаниях, представляет собой нарушение относящегося к числу общих обязанностей военнослужащего требования о строгом соблюдении Конституции Российской Федерации и законов Российской Федерации.....

 У Вас нарушение выразилось в управлении транспортным средством в состоянии алкогольного опьянения, что и может послужить мотивом для увольнения. 

Собственно говоря, если такое решение и будет принято — то оспорить его будет весьма проблематично, с учетом складывающейся практики.

В этой связи вопрос о льготной продолжительности военной службы, при наличии которой более 20 лет — у Вас вполне можно рассмотреть вариант увольнения по состоянию здоровья. 

При наличии категории годности В — Вы можете подать рапорт об увольнении на основании п.п. б п. 3 ст. 51 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе».

При этом Вы сохраняете за собой право на ипотеку и можете воспользоваться выплатами, поскольку у Вас продолжительность службы более 10 лет.

Как отмечено в ст. 10 ФЗ от 20.08.2004 N 117-ФЗ «О накопительно-ипотечной системе жилищного обеспечения военнослужащих»

Основанием возникновения права на использование накоплений, учтенных на именном накопительном счете участника, в соответствии с настоящим Федеральным законом является:

2) увольнение военнослужащего, общая продолжительность военной службы которого составляет десять лет и более:
б) по состоянию здоровья — в связи с признанием его военно-врачебной комиссией ограниченно годным к военной службе;