Директор не согласовал с министром отпуск, как заставить директоров согласовывать свое отсутствие?

Здравствуйте, Сергей, если я правильно понимаю речь идет о государственном бюджетном учреждении. В таком случае руководитель государственного органа, выполняющего функции и полномочия учредителя бюджетного учреждения, является работодателем в отношении директора учреждения. Соответственно он своим распоряжением отправляет директора в отпуск или командировку, на время его отсутствия назначает исполняющего обязанности. Поэтому ситуация, когда директора «сам» уходит в отпуск в принципе быть не может.