Здравствуйте, Юлия.
Не имеет значения, где будет выдаваться листок по временной нетрудоспособности в связи с беременностью и родами.
Выплата пособий по беременности и родам и по уходу за ребенком осуществляется органом ФСС (если регион, где работодатель стоит на учете как страхователь, участвует в пилотном проекте так называемых прямых выплат) или работодателем, исходя из заработка застрахованного лица за два календарных года, предшествующих году предоставления отпуска по беременности и родам или по уходу за ребенком (ст. 14, Федеральный закон от 29.12.2006 N 255-ФЗ (ред. от 27.12.2018) «Об обязательном социальном страховании на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством»).
Так как в среднем заработке уже «сидит» районный коэффициент, то соответственно и размер пособия будет с учетом коэффициента рассчитываться.
Районный коэффициент учитывается отдельно только при выплате пособия по беременности и родам и только в случаях, когда выплата производится исходя из МРОТ при общем страховом стаже менее 6 месяцев (ст. 11, Федеральный закон от 29.12.2006 N 255-ФЗ (ред. от 27.12.2018) «Об обязательном социальном страховании на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством»).