Здравствуйте, заключён договор на капитальный ремонт дороги, но часть работ выполнена не качественно, можно

Здравствуйте, Ирина. 

Согласно ст. 723 ГК РФ Вы можете произвести частичную оплату выполненных по контракту работ.

1. В случаях, когда работа выполнена подрядчиком с отступлениями от договора подряда, ухудшившими результат работы, или с иными недостатками, которые делают его не пригодным для предусмотренного в договоре использования либо при отсутствии в договоре соответствующего условия непригодности для обычного использования, заказчик вправе, если иное не установлено законом или договором, по своему выбору потребовать от подрядчика:
безвозмездного устранения недостатков в разумный срок;
соразмерного уменьшения установленной за работу цены;
возмещения своих расходов на устранение недостатков, когда право заказчика устранять их предусмотрено в договоре подряда (статья 397).

При этом согласно ст. 34 закона № 44-ФЗ Вы должны выставить подрядчику требование об уплате неустойки (пеней, штрафов).

Согласно ч.3 ст.723 ГК РФ, если подрядчик допустил отступления от условий контракта или иные недостатки, которые не устранены или являются существенными и неустранимыми, то заказчик вправе отказаться от исполнения догвовора.

В вашем же случае, необходимо руководствоваться ч.1 ст.723 ГК РФ. В данном случае, отказаться от уплаты работ надлежащего качества Вам нельзя.
 Кроме не уплаты за некачественную работу, вы обязаны выставить подрядчику претензию на уплату неустойки предусмотренной контрактом.

Пример из практики, когда отказали во взыскании денежной суммы с ЗАказчика, за не качественную работу. (Постановление Арбитражного суда Северо-Кавказского округа от 01.03.2019 N Ф08-651/2019 по делу N А63-610/2017)