Можно ли получить первоначальный взнос в таком случае?

Здравствуйте Юлия.

Если я правильно понял вашу терминологию, то вторичка, это вторичный объект жилой или нежилой недвижимости, которую вы планируете приобрести?! Если так, то нужно разграничить гражданско-правовые отношения, когда обе стороны равны и свободны в своих действиях, в договоре, например при покупки недвижимости и властно-подчиненные отношения, присущи налоговым, когда мы обязаны платить налоги. Финансовые взаимоотношения в этом случае недопустимы. Вы не сможете и никто не имеет право направить вашу переплату по налогам на оплату первоначального взноса. 

С уважением Нурлан Алимбетов.