В 2016 году была куплена квартира в ипотеку, я являюсь основным заёмщиком, муж -созаемщик

Уважаемая Марина! Всё имущество, которое было приобретено в период брака на общие денежные средства супругов, является общим имуществом супругов ст. 34 Семейного Кодекса РФ.

При разделе общего имущества супругов их доли считаются равными. Однако согласно ст. 39 Семейного Кодекса РФ:

2. Суд вправе отступить от начала равенства долей супругов в их общем имуществе исходя из интересов несовершеннолетних детей и (или) исходя из заслуживающего внимания интереса одного из супругов,в частности, в случаях, если другой супруг не получал доходов по неуважительным причинам или расходовал общее имущество супругов в ущерб интересам семьи.

Следовательно, Вам в данном случае неообходимо разделить имущество и долги по ипотечному кредиту, определив доли в квартире пропорционально долгам, которые будете выплачивать только Вы.

При таком разделе супругу будет выделена лишь доля в квартире, пропорциональная 1/2 стоимости квартиры, выплаченной в период брака, а с учетом того, что супруг не работал, то данная доля супруга может быть уменьшена судом. 

Затем Вы можете выкупить у него эту незначительную долю.

Здравствуйте, Марина.

В 2016 году была куплена квартира в ипотеку,

поскольку в период брака, то имущество является совместным, согласно СК РФ.

ОДнако, 

В 2018 мы развелись,… и плачу ипотеку я. Муж никогда не платил за ипотеку и коммунальные. Т.е. с самого начала полностью все выплачиваю я.

за период с момента расторжения брака, вы имеете право взыскать с мужа 50% оплаченных вами денежных средств за ипотеку. Это первое.

далее,

… смогу ли я в суде в случае чего отстоять квартиру или он все равно имеет долю? 

вы полагаете, что бы суд определил вам квартиру, но согласно СК РФ она должна быть разделена между супругами, с учетом исполнения обязательства по определению долей, при использовании  средств МК.