Должен ли предприниматель платить пеню, если срок давности истек?

Здравствуйте Людмила.
В силу положения части 1 ст. 75 Налогового Кодекса РФ пеней признается установленная настоящей статьей денежная сумма, которую налогоплательщик должен выплатить в случае уплаты причитающихся сумм налогов, в том числе налогов, уплачиваемых в связи с перемещением товаров через таможенную границу Таможенного союза, в более поздние по сравнению с установленными законодательством о налогах и сборах сроки.
Наличие у вас пени говорит о том, что налог подлежащий к оплате в установленный срок не оплатили, то есть оплатили позже. Поэтому у вас нет задолженности по сумме налога, но есть пеня по нему. Оплаты пени входит в обязательства налогоплательщика. Требования ФНС в этой части законные и обоснованные.
С уважением Нурлан Алимбетов.