Каков порядок платы капремонта, если ты собственник двух квартир?

Да, должны, т.к. за капремонт платит собственник жилого помещения, независимо от того, где он зарегистрирован и фактически проживает. 

ЖК РФ Статья 154. Структура платы за жилое помещение и коммунальные услуги

2. Плата за жилое помещение и коммунальные услуги для собственника помещения в многоквартирном доме включает в себя:
1) плату за содержание жилого помещения, включающую в себя плату за услуги, работы по управлению многоквартирным домом, за содержание и текущий ремонт общего имущества в многоквартирном доме, за коммунальные ресурсы, потребляемые при использовании и содержании общего имущества в многоквартирном доме;

2) взнос на капитальный ремонт;
3) плату за коммунальные услуги.