Екатерина, надо принимать меры. Поднимите вопрос перед вашим работодателем ребром, а ещё лучше — письменно (под копию с его отметкой о вручении или почтовой квитанцией о направлении по почте на случай судебной тяжбы, иначе на пенсию себе стаж не заработаете).
Укажите в письме все свои требования. И имейте в виду, что в соответствии со статьёй 15 ТК РФ заключение гражданско-правовых договоров, фактически регулирующих трудовые отношения между работником и работодателем, не допускается. За такие вещи есть серьёзное наказание для вашего ИП-шника (посмотрите статью 5.27 КоАП РФ).
Вам нужно составить грамотный трудовой договор с ним, в котором расписать все ваши с ним права и обязанности. Пригрозите жалобами в налоговую (наверняка он налоги не доплачивает за вас, и взносы в ПФ тоже могут им не уплачиваться, а также взносы в ФСС за вас на случай больничного или декретного и т.д.). За такие вещи предусмотрены большие штрафы и санкции. Пригрозите жалобами в прокуратуру и в трудовую инспекцию, а также иском в суд о восстановлении всех ваших нарушенных трудовых прав. Если вы позволяете обращаться с собой, как с рабой — то с вами так и обращаются.