Как быть, если возник сомнительный долг в пользу ООО по акту сверки?

Этим актом подтверждается, что на 31.12.2019 года вам оплачена сумма 12 500,00 р за работу, которую вы по состоянию на 31.12.2019 года не выполнили.

Сейчас вы уже текущим числом подпишите акт выполненных работ, и акт будет другой (будет долг перед вами).

Собственно в этом акте никакой сомнительной информации нет и все соответствует действительности.

Здравствуйте Алексей! В целом, действительно, на данный момент у Вас задолженность перед ООО в размере 12500р., т.к. деньги переведены, а акт не подписан. Подписывать акт или нет — Ваше дело. Подписанный акт не означает перечисления денег. Таким образом Вы можете и подписать данный акт и требовать своих денег по договору -оставшиеся 50%. 

ГПК РФ Статья 56. Обязанность доказывания

1. Каждая сторона должна доказать те обстоятельства, на которые она ссылается как на основания своих требований и возражений, если иное не предусмотрено федеральным законом.
2. Суд определяет, какие обстоятельства имеют значение для дела, какой стороне надлежит их доказывать, выносит обстоятельства на обсуждение, даже если стороны на какие-либо из них не ссылались.

Здравствуйте Алексей, раз формулировка в акте задолженность в пользу ООО, то это может быть только то что вами не составлен промежуточный акт выполненных работ и бухгалтерия не может закрыть предоплату, которую Вам произвели. Рекомендую посмотреть условия договора, как подписывается первичная документация и в какие сроки.