Как я могу компенсировать эти дни или, если есть, другие варианты

Добрый день. Отгулять Вы сможете отпуска только за 2018 и более поздние годы, но полагаю, за 2018 год придется обращаться в суд. Дело в том, что за 2018 год отпуск мог быть предоставлен в течение 2019 года. 

В силу ст. 29 Положения о порядке прохождения военной службы (Указ Президента РФ № 1237 от 1999 года)

В случаях, когда основной отпуск и (или) дополнительные отпуска, предусмотренные подпунктами «б» и «г» пункта 15 статьи 31 настоящего Положения, не были предоставлены военнослужащему, проходящему военную службу по контракту, в текущем календарном году в связи с его болезнью или другими исключительными обстоятельствами, допускается перенос основного и (или) дополнительных отпусков на следующий календарный год с учетом времени проезда к месту использования отпуска и обратно.

И если этого сделано не было, то в суде можно требовать его предоставления.

При этом срок обращения в суд в силу ст. 219 КАС РФ составляет 3 месяца и истекает завтра

Если настоящим Кодексом не установлены иные сроки обращения с административным исковым заявлением в суд, административное исковое заявление может быть подано в суд в течение трех месяцев со дня, когда гражданину, организации, иному лицу стало известно о нарушении их прав, свобод и законных интересов.