Почему в госуслугах, висит судебная задолженность, по кредиту, так как кредит уже погашен онлайн, на премую с банком, и вот теперь думаю оформлять ли мне машину в ГАИ, а то заберут

Денис, добрый день.  

Если Вы уверенны, что задолженность погашена, то автомобиль у вас точно не заберут, можете оформлять автомобиль в ГИБДД, даже если будет ошибочно наложен арест на ТС, его можно будет снять.

После  (или ДО) оформления автомобиля, обратитесь вс службу судебных приставов-исполнителей с выпиской с банка о полном погашении задолженности, чтобы пристав приобщил данную выписку к делу, и закрыл исполнительное производство.