Такая ситуация: у мамы есть квартира, разделена она на 3 доли, меня, брата и мамы

Здравствуйте, на мой взгляд самым удобным вариантов является оформление договора дарения на вашего брата. Налоги он платить не будет, поскольку это дарение близкому родственнику, согласно ст.217 НК РФ. Относительно же самих деталей сделки, дарение доли придется оформлять через нотариуса. 

Доходы, полученные в порядке дарения, освобождаются от налогообложения в случае, если даритель и одаряемый являются членами семьи и (или) близкими родственниками в соответствии с Семейным кодексом Российской Федерации (супругами, родителями и детьми, в том числе усыновителями и усыновленными, дедушкой, бабушкой и внуками, полнородными и неполнородными  братьями и сестрами;