Руководство предлагает открыть на меня ип, на который будет начисляться зарплата для моего отдела

Здравствуйте.

На самом деле, здесь речь идет скорее не о «подводных камнях», а конкретных негативных для Вас по сравнению с привычными трудовыми отношениями последствиях: 

1) Заработная плата будет облагаться налогом, страховыми взносами. 

2) Вам будет необходимо по всем данным платежам вести и сдавать расчетность. 

3) Различного рода плюсы, характерные для трудовых отношений (оплата больничного, защита прав как работника в Трудовой инспекции, Комиссии по трудовым спорам, стаж и пр.) будут для Вас недоступны, пока не докажете через суд (если решите), что отношения были рабочими

4) Возможны, в случае если суммы будут большими и переводить средства Вы будете обналичивая их, применение мер в соответствии с Федеральным законом 115-ФЗ. В частности, иногда блокируются счета. Разблокировать их даже через суд очень сложно. 

Добрый день. Подводный камень здесь лишь один. Речь идет о построении схемы обнала, которая необходима для уклонения предприятия от уплаты страховых взносов за работников( при перечислении денег ИП страховые взносы не начиляются). В данном случае у Вас возникает перспектива вменения состава уголовного преступления предусмотренного статьей 172 УК — незаконная банковская деятельность http://www.consultant.ru/docum...

Кроме того, постоянное снятие наличности вызовет вопросы в банке в рамках 115-ФЗ «О противодействии легализации (отмыванию) доходов, полученных преступным путем, и финансированию терроризма»  с возможностью блокировки счета и внесения данных о Вас в списки ЦБ, доступные всем банкам, что создаст в дальнейшем огромные сложности с открытием нового счета и обслуживанием иных имеющихся счетов.

Вот это самые негативные варианты на сегодняшний день, поэтому стоит подумать над тем нужно ли Вам это.

С уважением Евгений Беляев