Добрый день, Татьяна.
Чтобы Вы считались добросовестным приобретателем в договоре купли-продажи необходимо указывать не 1000 рублей. Советую сделать рыночную оценку авто, после чего на основании данной оценки и заключайте договор.
Риски: банкротство ООО и данного физ лица. Конкурсный управляющий в процедуре конкурсного производства может оспорить несколько сделок, в начале сделку ООО и сотрудника, потом сделку сотрудника и Вами, основание п. 2 ст. 174 ГК РФ «Сделка, совершенная представителем или действующим от имени юридического лица без доверенности органом юридического лица в ущерб интересам представляемого или интересам юридического лица, может быть признана судом недействительной по иску представляемого или по иску юридического лица, а в случаях, предусмотренных законом, по иску, предъявленному в их интересах иным лицом или иным органом, если другая сторона сделки знала или должна была знать о явном ущербе для представляемого или для юридического лица либо имели место обстоятельства, которые свидетельствовали о сговоре либо об иных совместных действиях представителя или органа юридического лица и другой стороны сделки в ущерб интересам представляемого или интересам юридического лица».