Мы поставили товар, покупатель открыл груз без нас и говорит что одна из упаковок пустая, но целостность ее не нарушена, теперь требует допоставки или изменения накладной

Благодарю Вас за обращение!
В силу ст.513 ГК РФ 

Покупатель (получатель) обязан совершить все необходимые действия, обеспечивающие принятие товаров, поставленных в соответствии с договором поставки.

Таким образом, покупатель обязан был проверить наличие поставленного товара. Товара не оказалось, следовательно, Вы обязаны доставить товар обусловленный договором.
 
Для более подробной консультации, составления претензии, искового заявления, ходатайства и (или) любого другого документа прошу обратиться ко мне в чат. С уважением, юрист Филиппов Михаил Сергеевич.

Добрый день, Марина!
В данном случае необходимо смотреть на условия договора. Как и где должно было производится вскрытие груза покупателем по договору?
И фиксировал ли покупатель каким-либо образом, обнаруженные недостатки?