Добрый день.Я увольняюсь с вахты отработав 45 дней по состоянию здоровья.В договоре написано было что больничный не оплачивается.Мне за все должны заплатить?

Добрый день, Иван.

Если это трудовой договор, то больничный должны оплатить

ТК РФ Статья 183. Гарантии работнику при временной нетрудоспособности

При временной нетрудоспособности работодатель выплачивает работнику пособие по временной нетрудоспособности в соответствии с федеральными законами.

Размеры пособий по временной нетрудоспособности и условия их выплаты устанавливаются федеральными законами.

Если это гражданско-правовой договор, то придется исходить из условий, которые ВЫ подписали.