Если ООО, на УСН, зарегистрировано в Ульяновской области, а имеет стационарный магазин в Новосибирске, где и какие налоги должно оно уплачивать

Добрый вечер! 

Если магазин в Новосибирске не поставлен на учет, как обособленное подразделение, и не переведен на ЕНВД, то налог по УСН, НДФЛ и страховые взносы уплачиваются только по месту регистрации (Ульяновская область). 

Если зарегистрировано обособленное подразделение и не переведено на ЕНВД, то по месту регистрации в Ульяновской области уплачиваются — налог по УСН, все страховые взносы (ОПС, ОМС, ОСС и НС) и НДФЛ за работников, осуществляющих деятельность непосредственно в Ульяновской области. В налоговую г. Новосибирск уплачивается только НДФЛ за работников магазина.

Ст.226 НК РФ:

Налоговые агенты — российские организации, указанные в пункте 1 настоящей статьи, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы налога в бюджет как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения. 
Сумма налога, подлежащая уплате в бюджет по месту нахождения обособленного подразделения организации, определяется исходя из суммы дохода, подлежащего налогообложению, начисляемого и выплачиваемого работникам этого обособленного подразделения, а также исходя из сумм доходов, начисляемых и выплачиваемых по договорам гражданско-правового характера, заключаемым с физическими лицами обособленным подразделением (уполномоченными лицами обособленного подразделения) от имени такой организации.

Сергей, добрый вечер!

В соответствии с определением, данным в ст. 11 НК РФ, магазин будет являться обособленном подразделением ООО:

обособленное подразделение организации — любое территориально обособленное от нее подразделение, по месту нахождения которого оборудованы стационарные рабочие места.

Налог по УСН уплачивается по месту нахождения ООО, поскольку НК РФ не предусмотрена уплата налога по УСН по месту нахождения обособленных подразделений.

НДФЛ с доходов работников, работающих в магазине, уплачиваются по месту нахождения магазина.

Согласно п. 7 ст. 226 НК РФ

Налоговые агенты — российские организации, указанные в пункте 1 настоящей статьи, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы налога в бюджет как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения.

Относительно уплаты страховых взносов нужно руководствоваться п. 11 ст. 431 НК РФ, согласно которой

Уплата страховых взносов и представление расчетов по страховым взносам производятся организациями по месту их нахождения и по месту нахождения обособленных подразделений организации, которым организацией открыты счета в банках и которые начисляют и производят выплаты и иные вознаграждения в пользу физических лиц (далее в настоящей статье — обособленные подразделения), если иное не предусмотрено пунктом 14 настоящей статьи.

Соответственно, если магазин не наделен правом осуществления выплат физ лицам (работникам), то страховые взносы уплачиваются по месту нахождения ООО.