Могут ли мне отказать в компенсации?

 Добрый вечер!
Согласно пункту 31 Порядка, случаев и особенностей оформления, выдачи и использования воинских перевозочных документов, отчетности по ним и организации контроля за их использованием (Приложение N 1 к приказу Министра обороны Российской Федерации от 27 декабря 2017 г. N 815)

Воинские перевозочные документы используются для проезда и (или) перевозки личного имущества только тех лиц, по тому маршруту и в тех целях, которые указаны в воинских перевозочных документах.

Следовательно, с одной стороны Вам предоставлено двое суток на дорогу, и Вы должны были воспользоваться ВПД в рамках периода указанного в приказе командира воинской части на отпуск и дорогу включительно, а с другой стороны Вы не изменяли маршрут и транспорт, убыли к месту проведения отпуска, билет купили по ВПД, т.е. ВПД вы реализовали,  в чем нет нарушений требований приказа Министра обороны Российской Федерации от 27 декабря 2017 г. N 815.
Статьей 76 Порядка предусмотрено, что

военнослужащие, члены семей военнослужащих, лица, сопровождавшие военнослужащих и членов их семей, по прибытии к новому месту военной службы, по возвращении из служебной командировки, отпуска, медицинской или образовательной организации и в других случаях проезда, предусмотренных настоящим Порядком, а также после перевозки личного имуществав течение трех рабочих дней сдают в воинскую часть проездные документы (билеты) и перевозочные документы, оформленные по воинским перевозочным документам, а также неиспользованные воинские перевозочные документы.

Так как Вы уже воспользовались ВПД, по прибытию из отпуска, при предоставлении в воинскую часть билетов не говорите о том, что Вы купили билеты на день раньше. Не акцентируйте на этом внимание. С уважением!