Что делать, если компания потеряла акт приема-передачи квартиры, до сих пор после бардака передачи и выкупа Мортон-Пик этот акт не могут найти, а я оформить квартиру в собственность с 2016 года

Доброго дня, Наталия.

Все зависит от основания приобретения права собственности. В любом случае, если Вы выполнили свои обязательства по договору, то можете:

а) обратиться в суд для расторжения договора и возврата Вам уплаченных Вами денежных средств (под. 1) п. 2 ст. 450 ГК РФ; существенное нарушение условий договора);
б) обратиться в суд с целью признания за Вами права собственности на указанную недвижимость.