Какой выход из сложившейся ситуации может быть и чем ему может это грозить эта ситуация?

но ему вменяют в вину то что когда он приезжал сюда должен был прийти и встать на воинский учёт.

Виталий

Делать он этого был не обязан.

В Белоруссию н выехал когда ему было 16 лет?

Если так, то стоит учитывать, что согласно ст. 9 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе»

1. Первоначальная постановка на воинский учет граждан мужского пола осуществляется в период с 1 января по 31 марта в год достижения ими возраста 17 лет комиссиями по постановке граждан на воинский учет, создаваемыми в муниципальных районах, муниципальных и городских округах и на внутригородских территориях городов федерального значения решением высшего должностного лица субъекта Российской Федерации (руководителя высшего исполнительного органа государственной власти субъекта Российской Федерации) по представлению военного комиссара.

Таким образом первичная постановка его на воинский учет должна была быть осуществлена в 17 лет.

Ввиду того, что он выехал за пределы РФ — то на воинском учете  он не обязан был состоять, как указано в ст. 8 названого закона

1. Граждане обязаны состоять на воинском учете, за исключением граждан:
постоянно проживающих за пределами Российской Федерации.

Таким образом, как уже сказал, обязанность вставать на воинский учет у него не возникла.

Далее, Вы говорите, что 

В 2013 году приезжал на 5 дней получать паспорт.

Виталий

В данном случае, также нет обязанности вставать на воинский учет, поскольку согласно ст. 10 указанного закона

1. В целях обеспечения воинского учета граждане обязаны:
явиться в двухнедельный срок в военный комиссариат для постановки на воинский учет, снятия с воинского учета и внесения изменений в документы воинского учета при переезде на новое место жительства и (или) место пребывания, в том числе не подтвержденные регистрацией по месту жительства и (или) месту пребывания, либо выезде из Российской Федерации на срок более шести месяцев или въезде в Российскую Федерацию;

Приезжал он на меньший срок, а следовательно требовать с него исполнение данной обязанности нет оснований.

Какой выход из сложившейся ситуации может быть и чем ему может это грозить эта ситуация ???

Виталий

Грозить ему может — выдача справки вместо военного билета, поскольку сочтут, что он не проходил военную службу не имея на то законных оснований.

Однако, после того, как будет принято решение о выдаче справки — данное решение стоит обжаловать в судебном порядке.

В силу, ст. 28 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе» — решение призывной комиссии может быть обжаловано в суде.

Административный иск подается в районный суд по месту его жительства (или военкомата) в течение 3 месяцев с момента выдачи справки.

В качестве аргумента незаконно принятого решения приводите вышеуказанные правовые нормы, в силу которых у него не было оснований для постановки на воинский учет, а следовательно и призыва на военную службу.