Договора с клиентами на каждую консультацию?

Уважаемая Евгения! Доброго! А Вы ИП или у Вас ЮЛ? Какая система или режим налогообложения?

Если, к примеру, у Вас УСН — Доходы, то по расходам все гораздо проще.

Далее, в силу ст.434 ГК РФ договор может быть заключен в любой форме (в т.ч. и по e-mail).

Да, есть ст.161 ГК РФ плюс закон РФ от 07.02.1992 №2300-1 «О защите прав потребителей», но повторю, ст.434 ГК РФ никто не отменял.

Мой вопрос: нужно ли подписывать договор при каждой оплате клиента( клиенты давнишние и постоянные).

скорее речь идет об акте, т.к. договор может быть и рамочным.

На мой взгляд, если все четко по e-mail прописали — излишне.

Будут ли при проверке сверять оплату-договор и нужно ли указывать скидки в договоре?

естественно 

Далее возникает неудобство по обмену договором с клиентом из другого города, как это можно оптимизировать? Где хранить весь этот документооборот, чтобы не разводить архив бумаг?

в формате PDF и далее в отдельные папки. Что надо — распечатаете

Добрый день, Евгения.

Если у вас длительные отношения с вашими клиентами, то вам нет необходимости каждый раз заключать договор, пропишите в условиях, что услуги оказываются на постоянной основе, а по результатам консультирования, подписывайте акты выполненных работ, по которым получайте оплату. 

Имеет значение на какой системе налогообложения вы будете находится и в какой организационно-правовой форме вступать в гражданско-правовые отношения с клиентами (организация, ИП), для вас видится оптимальный вариант — стать плательщиком налога на профессиональный доход (самозанятой) и оплачивать налог в размере 4% от суммы дохода, полученной от клиентов — физических лиц, либо 6% — юридических лиц. Проста регистрация в программе «Мой налог» позволит вам автоматически оплачивать налог с тех суммы, которые вы будете получать на указанный вами расчетный счет от платежей клиентов и больше никаких вопросов со стороны налоговой возникать не будет! При этом заключать договора вам также необходимости в плане отчетности перед налоговым органом не будет необходимости, только для вас, чтобы не возникало споров с клиентами; в договоре предусмотрите обмен электронными образами договора и храните их в электронном виде без почтового обмена на бумажном носителе.