Есть ли вариант лишить его этой доли квартиры?

Здравствуйте.

Если  квартиру  приобретали(оформили ипотеку)  в  период брака — это  совместная  собственность.  Есть вариант,  связанный  с  разделом  имущества

Статья 38. Раздел общего имущества супругов

 
1. Раздел общего имущества супругов может быть произведен как в период брака, так и после его расторжения по требованию любого из супругов, а также в случае заявления кредитором требования о разделе общего имущества супругов для обращения взыскания на долю одного из супругов в общем имуществе супругов.

2. Общее имущество супругов может быть разделено между супругами по их соглашению. Соглашение о разделе общего имущества, нажитого супругами в период брака, должно быть нотариально удостоверено.

Добрый вечер, Светлана.

Исходя из описанной Вами ситуации, существует несколько вариантов решения проблемы (как полного, так и частичного):
1) Поскольку квартира была приобретена во время брака, то в силу положений ст. 34 Семейного кодекса РФ она является вашей с бывшим супругом совместной собственностью. Вместе с тем учитывая, что квартира приобретена с использованием средств материнского капитала, то в соответствии с пунктом 4 статьи 10 Федерального закона от 29.12.2006 № 256-ФЗ «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей» после полного погашения ипотечного кредита и снятия обременения вы обязаны оформить приобретенное жилое помещение в общую собственность с тем, чтобы долями были наделены оба супруга и все дети. Размер долей в таком случае определяется по соглашению сторон (как договоритесь, но чаще всего детям выделяют по 1/10 доли). При оформлении такого соглашения Вы можете, ссылаясь на интересы детей, договориться с бывшим супругом о наделении детей большей долей, чем из этого исходит закон (доли определяются исходя из равенства долей родителей и детей на средства материнского (семейного) капитала (пункт 13 Обзора судебной практики по делам, связанным с реализацией права на материнский (семейный) капитал, утв. Президиумом Верховного Суда Российской Федерации 22.06.2016)). Проще говоря в этом случае Вы с супругом помимо положенной детям доли в квартире дарите им какую-то долю от себя. В этом случае размер доли бывшего супруга может быть уменьшен;
2) Вы вправе заключить с бывшим мужем соглашение о разделе общего имущества, нажитого в период брака, в частности спорной квартиры, определив соотношение долей по договоренности, либо прийти к варианту оставления всей квартиры за Вами (также стоит учитывать интересы детей, с кем они остались проживать и проч. и ссылаться на это при аргументации);
3) В период брака презюмируется, что погашение кредита осуществлялось за счет общих семейных денег. В вашей ситуации после расторжения брака прошло 3 года, исходя из чего после прекращения брачных отношений погашение кредита осуществлялось уже исключительно за счет Ваших средств. Поскольку кредитное обязательство было оформлено в браке, то предполагается, что оно является общим долгом супругов и оба супруга должны его погашать по ½ доли. Так как последние три года уже вне брака кредит гасили исключительно Вы, то в этом случае Вы вправе обратиться с требованием о взыскании ½ от уплаченных Вами средств в его погашение либо со ссылкой на данное обстоятельство требовать перераспределения долей в приобретенном жилом помещении.
Кроме того, взысканию с супруга подлежит и ½ часть от коммунальных расходов, оплаченных Вами после расторжения брака, учитывая, что квартира продолжает находиться в общей собственности.
Есть вариант подсчитать все понесенные Вами расходы и обратиться к бывшему мужу с предложением о перераспределении долей в квартире (учитывая, что право на взыскание денежных средств по описанным выше основаниям вы сохраняете) либо с предложением о заключении соглашения об оставлении жилого помещения Вам и детям. Возможно, вам удастся договориться мирно.
Это общие варианты возможного решения проблемы. За более детальным изучением Вашей ситуации Вы можете обратиться дополнительно. Удачи!