Могу ли я использовать электронную справку о несудимости, которую получил на госуслугах, при регистрации ип?

Добрый вечер. 

Нет, не можете. Данная справка предоставляется не налогоплательщиком, а внутренними органами.

Федеральный закон от 08.08.2001 г. № 129-ФЗ:

Указанный документ представляется по межведомственному запросу регистрирующего органа федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке и реализации государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере внутренних дел, в порядке и сроки, которые установлены Правительством Российской Федерации;