Куда обратиться для ускорения выдачи?

Дмитрий, добрый день.

сотрудник МФЦ(паспортного стола)

Дмитрий

Можете уточнить один момент отказ был от работника МФЦ или от сотрудника УВМ МВД (паспортного стола)? Поскольку от этого зависит алгоритм Ваших действий.

При этом Вы говорите, что паспорт при получении был найден — что свидетельствует о том, что он готов и Вам только не выдан.

Отказ в его выдаче в данном случае не обоснован и предопределен исключительно личным мнением данного сотрудника.

Дело в том, что если бы у Вас были основания для ограничения на выезд из РФ — то сам паспорт бы Вам изготовлен не был.

Так, в силу приказа  МВД России от 31.12.2019 N 996

169. Сотрудник, уполномоченный на оформление и выдачу (направление) уведомления об отказе, не позднее 1 рабочего дня со дня поступления заявления с резолюцией об отказе в предоставлении государственной услуги:
169.2. Сообщает заявителю об отказе в выдаче паспорта, содержащего электронный носитель информации, и готовности уведомления об отказе на абонентский номер устройства подвижной радиотелефонной связи (мобильный телефон) заявителя и (или) на адрес электронной почты (в случае их указания в заявлении).
170. Уведомление об отказе выдается заявителю при личном обращении в подразделение по вопросам миграции. В заявлении проставляются отметка о выдаче уведомления об отказе и подпись заявителя рядом с проставленной отметкой.

Таким образом, если имелись основания для отказа в оказании услуги по выдаче паспорта — Вас бы известили не о готовности его выдачи, а о готовности уведомления об отказе.