Как правильно составить договор, чтобы налоговая не посчитало это сотрудничество трудовым?

Добрый день! С Вами могут заключить гражданско-правовой договор, в том числе  договор оказания услуг, или договор-счёт-акт. В договоре должны быть прописаны статус самозанятого, обязанность самозанятого выдавать чеки и вовремя сообщать о снятии с режима НПД, а также то, что работодатель не платит НДФЛ и страховые взносы за сотрудника. 

Условия, порядок заключения, существенные условия и форма договора с самозанятым лицом должны соответствовать требованиям, установленным гражданским законодательством для договора определенного вида. Каких-либо изъятий или особенностей в связи с тем, что стороной договора является лицо, применяющее НПД, гражданским законодательством не предусмотрено, а Закон N 422-ФЗ не регулирует гражданско-правовые отношения.

Указание на то, что сторона договора является самозанятым лицом и уплачивает НПД, в договоре возможно, но не обязательно.