Может ли пропуск таких уроков считаться прогулом?

С учетом моего первого ответа приведенного выше, теперь что касается этих вопросов:

которых нет в электронном журнале? 

Общие положения закреплены в   Федеральном  законе  «Об образовании в Российской Федерации» от 29.12.2012 N 273-ФЗ  и его статье 28. Компетенция, права, обязанности и ответственность образовательной организации.

Из статьи 28 следует, что:

1. Образовательная организация обладает автономией, под которой понимается самостоятельность в осуществлении образовательной, научной, административной, финансово-экономической деятельности, разработке и принятии локальных нормативных актов…

http://www.consultant.ru/docum...

Разъяснения указаны в Письме Министерства образования и науки РФ от 15 февраля 2012 года N АП-147/07 «О методических рекомендациях по внедрению систем ведения журналов успеваемости в электронном виде».

Из Письма следует, что:

В результате предоставления указанной услуги обучающиеся и их родители (законные представители) должны получить доступ к актуальной и достоверной информации:
— сведения о расписании уроков (занятий);
— сведения об изменениях, вносимых в расписание уроков (занятий);
https://docs.cntd.ru/document/...

Далее я продолжу в следующем ответе ниже.

С учетом моих двух предыдущих ответов приведенных выше. что касается этого вопроса:

Может ли пропуск таких уроков считаться прогулом?

Общие положения указанны в  Федеральном  законе  «Об образовании в Российской Федерации» от 29.12.2012 N 273-ФЗ и его статье 43. Обязанности и ответственность обучающихся.

Из статьи 43 следует, что:

4. За неисполнение или нарушение… иных локальных нормативных актов по вопросам организации и осуществления образовательной деятельности к обучающимся могут быть применены меры дисциплинарного взыскания — замечание, выговор, отчисление из организации, осуществляющей образовательную деятельность.
9. Решение об отчислении несовершеннолетнего обучающегося, достигшего возраста пятнадцати лет…
http://www.consultant.ru/docum...

При этом порядок также регулируется положениями указанными в Приказе Министерства образования и науки РФ от 15 марта 2013 года N 185   «Об утверждении Порядка применения к обучающимся и снятия с обучающихся мер дисциплинарного взыскания», можете с ним ознакомиться полностью пройдя по следующей ссылке:https://docs.cntd.ru/document/...

Т.е. да, это будет являться нарушением, за которое может быть применено дисциплинарное взыскание предусмотренное приведенными  выше положениями законодательства РФ.

Свои уточнения Вы также можете мне писать в личный чат, пройдя по ссылке на мой личный профиль:https://pravoved.ru/lawyer/798...