Добрый день.
Наличие судебной задолженности не является основание для прекращения трудовых отношений по инициативе работодателя.
Если же он подозревает вас в хищении и хочет сделать основанием для увольнения именно этот факт, то в соответствии со статьей 81 Трудового кодекса Российской Федерации «Расторжение трудового договора по инициативе работодателя»
Трудовой договор может быть расторгнут работодателем в случаях:
...
г) совершения по месту работы хищения (в том числе мелкого) чужого имущества, растраты, умышленного его уничтожения или повреждения, установленных вступившим в законную силу приговором суда или постановлением судьи, органа, должностного лица, уполномоченных рассматривать дела об административных правонарушениях
...
И поэтому в случае увольнения по инициативе работодателя можете смело обращаться в Государственную инспекцию труда.