Получается, что я нигде не указан как владелец авто?

 Как управляли вы авто по доверенности? В страховку были вписаны?

Вопрос: нужно ли мне платить налог на доход от продажи автомобиля? Получается, что я нигде не указан как владелец авто? 

если вы юридическим собственником авто не числились в ГИБДД, то и налог платить вам не с чего.

И сестра тоже машину не регистрировала и в ПТС не вписана. 

а как она управляла по доверенности, в страховку была вписана и тд? ДКП заключала с продавцом?

Предыдущий владелец по ПТС владел автомобилем более 3-х лет. Продал дороже 250 000. Спасибо.

продал вашей сестре по ДКП за указанную цену-?

При том, что 

В ГИБДД покупатель всё нормально зарегистрировал.

тут несколько вариантов, либо ваш покупатель сделал договор от продавца сестры к нему сразу и зарегистрировал его (что иногда практикуется перекупами и тд). То есть о промежуточных сделка к сестре и к вам  в ГИБДД нет данных. Либо он сделал и промежуточные договора от первого продавца сестре, от сестры вам, и от вас уже ему вы сами подписали ДКП. Соответственно нужно владеть достоверной информацией, что бы правильно вас проконсультировать.Хочу отметить так же, что в  соответствии с пунктом 18.1 статьи 217 Налогового кодекса РФ Доходы, полученные в порядке дарения, освобождаются от налогообложения в случае, 

если даритель и одаряемый являются членами семьи и (или) близкими родственниками в соответствии с Семейным кодексом РФ.

Объясню ситуацию подробнее: мы с сестрой получили наследство, чтобы его не делить я отказался от наследства, автомобиль, который сестра получила в наследство, она передала мне по договору дарения. Сестра эту машину на себя не регистрировала, себя в ПТС не вписывала и не водила, я, соответственно тоже, на себя не регистрировал, в ПТС не вписывал, не водил. Автомобиль был автоматически снят с регистрации. Потом я решил его продать. В ГИБДД покупатель предоставил наш с ним ДКП, копию моего договора дарения от сестры и копию её документа о наследстве. Этого хватило, чтобы покупатель смог без проблем зарегистрировать авто на себя. В ПТС на этот момент было только две отметки: прошлого владельца (наследодателя, более 3-х лет владения машиной) и о снятии с регистрации. То есть ни я, ни сестра никак в документах на автомобиль не фигурируем. И поскольку мы машину не водили, то и страховок никаких не оформляли. В ГИБДД их и не спрашивали. Перед продажей я консультировался у юриста и в ГИБДД, выяснил, что такой вариант продажи вполне правомерен.