Может ли соглашение содержать одновременно условия основного и дополнительного договора?

Добрый день, поясните что таке основной, а что такое дополнительный договор  — что вы подразумеваете под этим?

Добрый день! Полагаю, что речь идёт о смешанном договоре.

Согласно положениям со.421 ГК РФ стороны могут заключить договор, как предусмотренный, так и не предусмотренный законом или иными правовыми актами. К договору, не предусмотренному законом или иными правовыми актами, при отсутствии признаков, указанных в пункте 3 настоящей статьи, правила об отдельных видах договоров, предусмотренных законом или иными правовыми актами, не применяются, что не исключает возможности применения правил об аналогии закона (пункт 1 статьи 6) к отдельным отношениям сторон по договору.

Стороны могут заключить договор, в котором содержатся элементы различных договоров, предусмотренных законом или иными правовыми актами (смешанный договор). К отношениям сторон по смешанному договору применяются в соответствующих частях правила о договорах, элементы которых содержатся в смешанном договоре, если иное не вытекает из соглашения сторон или существа смешанного договора.

Таким образом, ваш договор, в случае, если он является смешанным, может содержать условия всех включённых в него договоров.