Как должен поступить суд в подобных ситуациях?

Нет, суд поступил неправильно.

В этом случае суду следовало возвратить уголовное дело прокурору в порядке ст. 237 УПК РФ.

Ст. 237 УПК РФ

1.2. Судья по ходатайству стороны возвращает уголовное дело прокурору для устранения препятствий к его рассмотрению судом в случаях, если:

1) после направления уголовного дела в суд наступили новые общественно опасные последствия инкриминируемого обвиняемому деяния, являющиеся основанием для предъявления ему обвинения в совершении более тяжкого преступления;

В данном случае наступившие новые общественно опасные последствия требуют квалификации действий подсудимого по ч. 4 ст. 111 УК РФ, это более тяжкое преступление.

Добрый день!

 Суд не вправе был прекращать уголовное дело, поскольку прекращением уголовного дела прекращается уголовное преследование данного гражданина.

Суд должен был вернуть дело прокурору на основании ст. 237 Уголовно-процессуального Кодекса РФ:

1. Судья по ходатайству стороны или по собственной инициативе возвращает уголовное дело прокурору для устранения препятствий его рассмотрения судом в случаях, если:

6) фактические обстоятельства, изложенные в обвинительном заключении,… свидетельствуют о наличии оснований для квалификации действий обвиняемого, лица, в отношении которого ведется производство о применении принудительной меры медицинского характера, как более тяжкого преступления, .