Один из пунктов обязанностей "заказчика" (Минздрава) - выплата ежемесячной дополнительной стипендии в размере 5000 рублей, которая выплачивалась в размере 4450-4550 рублей в месяц

 Здравствуйте. Расторжение  договора  по Вашей инициативе возможно по следующим основаниям: 

 Согласно  Постановления Правительства РФ от 13 октября 2020 г. N 1681
«О целевом обучении по образовательным программам среднего профессионального и высшего образования»

По инициативе гражданина исполнение обязательства по осуществлению трудовой деятельности приостанавливается по следующим основаниям, возникшим не ранее даты заключения договора о целевом обучении:

у гражданина выявлены медицинские противопоказания для выполнения работы в соответствии с осваиваемой или освоенной им образовательной программой, подтвержденные медицинским заключением, выданным в порядке, установленном федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации;

гражданин осуществляет уход за сыном, дочерью, родителем, супругом (супругой), признанными в установленном порядке ребенком-инвалидом, инвалидом I группы, если трудовая деятельность в соответствии с договором о целевом обучении должна осуществляться не по месту постоянного жительства соответственно сына, дочери, родителя, супруга (супруги);

гражданин является супругом (супругой) военнослужащего, за исключением лиц, проходящих военную службу по призыву, если трудовая деятельность в соответствии с договором о целевом обучении должна осуществляться не по месту военной службы супруга (супруги);

гражданин осуществляет постоянный уход за отцом, матерью, супругом (супругой), родным братом, родной сестрой, дедушкой, бабушкой или усыновителем, если отсутствуют другие лица, обязанные по закону содержать указанных граждан, а также при условии, что указанные граждане не находятся на полном государственном обеспечении и нуждаются по состоянию здоровья в постоянном постороннем уходе (помощи, надзоре) в соответствии с заключением федерального учреждения медико-социальной экспертизы по месту жительства гражданина;

гражданин признан в установленном порядке инвалидом I или II группы;

гражданин осуществляет уход за ребенком в возрасте до 3 лет;

беременность и роды (на период отпуска по беременности и родам, а при отсутствии указанного отпуска — на период, соответствующий длительности указанного отпуска, предоставляемого в соответствующем случае);

гражданин является временно нетрудоспособным более одного месяца.

Приостановление исполнения обязательства по основаниям, указанным в абзацах седьмом и восьмом настоящего пункта, не осуществляется, если отпуск по беременности и родам, отпуск по уходу за ребенком до достижения им возраста 3 лет предоставляются по месту осуществления трудовой деятельности, установленному договором о целевом обучении.
21. Исполнение обязательства по осуществлению трудовой деятельности приостанавливается на период прохождения гражданином военной службы по призыву.
22. В случае возникновения одного из оснований, указанных в пунктах 19 — 21 настоящего Положения (при наличии оснований, указанных в пункте 19 или 20 настоящего Положения, — по инициативе гражданина):

гражданин уведомляет в письменной форме заказчика о наличии такого основания с приложением подтверждающего документа (документов) не позднее одного месяца с даты возникновения указанного основания;

при возникновении одного из оснований, предусмотренных абзацами вторым — пятым пункта 20 настоящего Положения, заказчик вправе внести в договор о целевом обучении изменения в части места осуществления трудовой деятельности, обеспечивающие устранение указанных оснований. Такие изменения вносятся заказчиком по согласованию с гражданином (в случае если стороной договора о целевом обучении является организация-работодатель — также по согласованию с организацией-работодателем);

 В Вашем  случае Вам придется возмещать затраты   понесенные за время Вашего обучения.

Добрый день! 

Сложно ответить на вопрос об оплате не изучив Договор

Что касается оплаты- возможны удержания налогов и сумма 5000 рублей- сумма «до налогов», таким образом Вам не положены данные выплаты.

Расторгнуть Договор на основании данных недоплат не получится, в том числе не исполнять другие обязанности, предусмотренные данным Договором.