Как нам поступить в данном случае?

С учетом моего первого ответа выше:

Здесь следует начать с общих оснований и порядка предусмотренных трудовым законодательством РФ.

Если работодатель намерен изменить условие касающееся рабочего времени и времени отдыха,  а по факту в описанной ситуации насколько я понимаю это так, то в таком случае он обязан это делать и может изменить условия только по основаниям прямо указанным в законе.

 Это либо только с согласия работника путем подписания с ним допсоглашения в рамках статьи ТК РФ Статья 72. Изменение определенных сторонами условий трудового договора, из которой следует что:

Изменение определенных сторонами условий трудового договора, в том числе перевод на другую работу, допускается только по соглашению сторон трудового договора, за исключением случаев, предусмотренных настоящим Кодексом. Соглашение об изменении определенных сторонами условий трудового договора заключается в письменной форме.-http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34683/ba946b43f391a20a54c6384e40026291c4a349ed/

Но здесь работник вправе отказаться что-либо менять, обязать его работодатель не вправе.

Либо в соответствии с положениями статьи ТК РФ Статья 74. Изменение определенных сторонами условий трудового договора по причинам, связанным с изменением организационных или технологических условий труда следует что:

В случае, когда по причинам, связанным с изменением организационных или технологических условий труда (изменения в технике и технологии производства, структурная реорганизация производства, другие причины), определенные сторонами условия трудового договора не могут быть сохранены, допускается их изменение по инициативе работодателя, за исключением изменения трудовой функции работника.О предстоящих изменениях определенных сторонами условий трудового договора, а также о причинах, вызвавших необходимость таких изменений, работодатель обязан уведомить работника в письменной форме не позднее чем за два месяца-http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34683/9813ddf0e50685b412c0736a2e7eae8c4c840ce7/

Для ее применения действительно должны быть изменения организационных или технологических условий труда, что к таковым относится например с позиции органов Роструда, можете ознакомиться по следующей официальной ссылке:

Понятие организационных или технологических условий труда при изменении трудового договора

К числу организационных изменений могут быть отнесены:
— изменения в структуре управления организации;
— изменения в организационной структуре предприятия с перераспределением нагрузки на подразделения или на конкретные должности и как следствие изменение систем оплаты труда.

-https://git55.rostrud.gov.ru/sovety_rabotniku_i_rabotodatelyu/89786.html

Также подробные пошаговые разъяснения Роструда РФ можете посмотреть по следующей официальной ссылке:

Действия работодателя при изменении условий трудового договора-https://онлайнинспекция.рф/instruction/20

Далее я продолжу в следующем ответе ниже.

С учетом двух моих предыдущих ответов выше. теперь что касается этих вопросов:

 Работники согласны, уведомление подписали. Но получилось так, что структуру не утвердили именно с того числа, на которое было выдано уведомление. Как нам поступить в данном случае?

Нарушений нет,, главное уведомить не позднее чем за 2 месяца до введения изменений и заключения допсоглашения о них к трудовому договору если речь идет о статье 74 Трудового кодекса РФ, вы ничего не нарушите если порядок  уведомления и срок был соблюден вами.

А когда меняется по соглашению сторон то там никаких уведомлений и сроков нет вообще, стороны сами по соглашению меняют условия.

Свои уточнения Вы также можете писать мне в личный чат, пройдя по ссылке на мой личный профиль:https://pravoved.ru/lawyer/798541/

Как нам поступить в данном случае?

 Перевод осуществить после утверждения новой структуры. Новое уведомление вручать не надо.