Стоит ли мне подписывать такой документ с передачей Исключительных прав?

Здравствуйте! В соответствии с положениями  свободе договора (статья 421 ГК РФ) вы вправе не подписывать невыгодное для вас соглашение.

ГК РФ Статья 421. Свобода договора
1. Граждане и юридические лица свободны в заключении договора.Понуждение к заключению договора не допускается, за исключением случаев, когда обязанность заключить договор предусмотрена настоящим Кодексом, законом или добровольно принятым обязательством.

4. Условия договора определяются по усмотрению сторон, кроме случаев, когда содержание соответствующего условия предписано законом или иными правовыми актами ). www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_5142/ad08909251f4d26ebc935648e4e708a31e160348/

а я этого не хочу. Стоит ли мне подписывать такой документ с передачей Исключительных прав?

 Борис, добрый день! Если Вы не хотите передавать исключительные права на созданное ПО не подписывайте, можно ограничится передачей на возмездной основе неисключительной лицензии на пользование ПО обговорив отдельно условия использования ПО приобретателем. Исключительные права при этом останутся за Вами, но соглашение конечно должно быть иным.

ст. 1286 ГК РФ

По лицензионному договору одна сторона — автор или иной правообладатель (лицензиар) предоставляет либо обязуется предоставить другой стороне (лицензиату) право использования этого произведения в установленных договором пределах.
.

Здравствуйте, пункты 

6.1. Исключительное право на Модуль переходит к Заказчику после полной оплаты Разработки Модуля.

6.2. Заказчик и Исполнитель имеют право сдавать в наем или аренду, продавать, передавать в использование, изменять, создавать новые версии Модуля, использовать Модуль в коммерческих целях.

противоречат друг другу — 6.1. предполагает отчуждение исключительных прав (имущественных рпав любым способом использовать и передавать другим ПО) (ст. 1234, 1285 ГК РФ)

пункт 6.1 сохраняет за вами право передавать права на ПО третьим лицам — это лицензионный договор (ст. 1235, 1286 ГК РФ).

в данной части однозначно необходимо вести коррективы — в ваших интересах передать заказчику только право использования ПО (лицензионный договор) в определенным объеме и определенными способами, особенно без права выдавать сублицензии третьим лицам.