Можно ли брать заказы самозанятому, если в отношении него ведётся судебное дело?

Доброго времени суток! Конечно можно. Если в отношении Вас никаких ограничений нет (в передвижении, если это может ограничить Вашу деятельность, аресте на счетах- если также может ограничить Вашу деятельность и т.д.) у Вас нет никаких ограничений и вправе заниматься Вами деятельностью. В действующем законодательстве весьма ограничены виды деятельности, на которые накладывается запрет в судебном порядке (напр. это педагогическая деятельность, управление  транспортными средствами, занятие определенных должностей в органах государственной власти). На запрет всех видов деятельности может быть только решение суда и только в уголовном судопроизводстве.